Der einzige Lichtblick des Plattformwechsels bestand in der bereits vorhandenen Technologie. Denn Nintendo stellte den Silicon Knights bereits Monate zuvor GameCube Dev Kits zur Verfügung, mit denen das Team parallel Too Human neu aufsetzte. Auf diese Weise cancelte Silicon Knights nach Henrys Anrufe ihr Too Human Projekt zum zweiten Mal ein, um die erlangten Techniken als Grundlage für Eternal Darkness zu nutzen.
Die Silicon Knights verdoppelten ihre Reihen bereits bei den Empires Titeln und erneut mit Dark Legion. Für Legacy of Kain wuchsen sie dann auf 20 Mann und gelangten für Eternal Darkness zu 60 Mitarbeitern. Zu diesen zählten nun erstmalig auch zwei Professoren der Brock Universtät. Dr. John Mitterer und Dr. Barry Grant berieten in Puncto Interface und Kameraführung. Seit id Softwares ersten Ego-Shootern tendierten Videospiele zur First-Person-Perspektive. Auch die Filmindustrie begann einst mit dieser Ich-Perspektive. Erkannte jedoch schnell die ungeeignete Art der Geschichtserzählung, da dem Zuschauer die Mimik der Teilnehmer entging. Aus diesem Grund riet Barry dazu die 3rd Person Perspektive zu verwenden. Woraufhin die Silicon Knights zusammen mit ihm ein Kamera-System entwickelten, was hinter dem Spieler herflog und für Unterhaltungen übergangslos zur richtigen Einstellung wechselte. Etwas das Spiele wie God of War oder Assassins Creed später kopierten.
Denis zählte damals zur International Game Developers Association. Einer Organisation, welche Studien zur Gewalt in Videospielen auswertete. Sie kamen zu dem Ergebnis, die gesamte öffentliche Hetze sei lediglich politisch motiviert und fundiere auf keinerlei Beweisen über gewalttätiges Verhalten durch Videospiele. Das frustrierte Denis dermaßen, dass er beschloss, die Spieler tatsächlich verrückt zu machen. Deshalb erhielt Eternal Darkness seine Sanity Effects. Sie sorgten dafür, dass der Bezug zur Realität verschwand, je mehr Gräueltaten der Spielercharakter beobachtete. Der Spieler halluzinierte gewissermaßen. So lief beispielsweise digitales Blut den Fernseher herunter oder das Gerät trieb den Spieler durch Veränderung der Lautstärke in den Wahnsinn. Effekte die damals funktionierten, weil das On-Screen-Display beinahe aller Fernseher gleich aussah. Als absoluter Schocker entpuppte sich schließlich das angebliche Löschen der Memory Card. Ein Sanity Effect um den Denis stark kämpfte, denn Nintendo hielt es für ein großes Risiko. Schließlich könnten Käufer vor Wut ihren GameCube an die Wand werfen. Aber letzten Endes sollte es eines von Eternal Darkness meist gelobten Features werden.
Mit dem GameCube Wechsel beabsichtigte Nintendo, Eternal Darkness zum Launch-Title machen. Die Konsole sollte am 18. September 2001 erscheinen. Doch wenige Tage zuvor steuerten zwei Flugzeuge ins World Trade Center und ließen die Zwillingstürme kollabieren. George W. Bush kündigte im amerikanischen Fernsehen einen neuen „Crusade“ an. Während ein Viertel der Eternal Darkness Story die „Crusader“ umfasste. Ein ganzes Kapitel spielte im Mittleren Osten. Der Spieler verkörperte einen Templer und selbstverständlich beinhaltete das einige arabische Inhalte. Auf diese reagierte ein Großteil der Weltbevölkerung plötzlich aber gereizt oder ängstlich. Sega nahm infolgedessen ihr Propeller Arena wieder vom Markt und Nintendo beschloss, Eternal Darkness gar nicht erst auszuliefern. Denis sprang augenblicklich in ein Flugzeug und überredete Satoru Iwata, ihnen ein weiteres halbes Jahr Entwicklungszeit zu gewähren, um den Templer Joseph De Molay und sämtliche Referenzen auf ihn zu entfernen. Das resultierte in vollen vier Jahren Entwicklungszeit für Eternal Darkness. Aber zumindest bekamen die Silicon Knights dadurch Gelegenheit ein paar zusätzliche Sanity Effects einzubauen.
Eternal Darkness erschien letztlich am 24. Juni 2002. Viele stuften es zunächst als einen Resident Evil Klon ein. Es dauerte rund ein halbes Jahr, bis sich dieser Aberglaube wandelte. Es waren die durchschnittlich 92 Punkte Wertungen, mit welchen Magazine das Spiel lobten und die unzähligen „Game of the Year“ sowie „Innovation in Console Gaming“ Auszeichnungen, die sie eines besseren belehrten. Auch wenn es nie die Verkaufszahlen Legacy of Kains überstieg, hatte es eine extrem hohe Durchdringungsrate, was das Verhältnis zum schlecht verkauften GameCube an ging. In den Augen vieler Spieler ist und bleibt Eternal Darkness bis heute das beste Spiel für Nintendos Würfel.
Wenige Wochen nach dem Eternal Darknes Erscheinen, im Sommer 2002 war Denis zu seinem Geburtstag erneut für eine Woche in Japan. Eigentlich wollte er Nintendo einige neue Konzepte pitchen, doch dann geschah etwas völlig überraschendes. Er aß gerade Mittag in Nintendos Cafeteria, als sich Shigeru Miyamoto mit einem Teller Sushi neben ihn setzte. Wenige Augenblicke später folgte Nintendos ehemaliger Präsident Hiroshi Yamauchi und deren neuer Präsident Satoru Iwata. In dem Moment beäugte bereits die gesamte Cafeteria den Tisch des Kanadiers. Es folgte eine Frage Shigeru Miyamotos: Würdest du gerne ein Metal Gear Solid Spiel machen? Denis wusste zunächst gar nicht, wie er darauf reagieren sollte und brachte lediglich ein „Huh?“ heraus. Sekunden später erholte er sich von der unerwarteten Frage und antwortete mit der Gegenfrage, wie das überhaupt möglich sei? Schließlich redeten sie von einem Konami Spiel! Und Metal Gear Solid Spiele waren zu der Zeit Playstation Exklusiv-Titel. In den folgenden Minuten schilderte Nintendos Führungsebene dem Silicon Knights Leiter, dass sie in ersten Verhandlungen mit Hideo Kojima ständen, weil sie gerne ein Metal Gear Solid für den GameCube hätten. Bedauerlicherweise arbeitete Hideo zu der Zeit jedoch an Metal Gear Solid 3: Snake Eater für die Playstation 2 und obendrein fehle dessen Team Erfahrung bei der GameCube Entwicklung. Nintendo selbst fehlte zeitgleich ebenfalls die Manpower. Deshalb fragten sie Denis, ob seine Silicon Knights nicht die ausführende Kraft sein könnten? Bereits am darauffolgenden Tag kamen Hideo Kojima und eine Gruppe Konami Entwickler mit dem Bullet Train zu ihnen nach Kyoto und besiegelten gemeinsam den Projektstart. Zehn Tage später flog Denis, samt 25 weiteren Silicon Knights, nach Tokyo, um dort die generelle Strategie des Spiels zu erarbeiten.
Viele Silicon Knights zeigten sich wenig erfreut über das Projekt. Denn es wurde relativ schnell klar, dass Konami sie zu Handlangern degradierte. Nintendo wünschte sich sehr schnell einen Metal Gear Titel auf ihrem GameCube. Da die Metal Gear Solid 3 Entwicklung jedoch auf hoch touren lief, hätte ein Metal Gear Solid 4 mit Silicon Knights Beteiligung frühestens drei oder vier Jahre später erscheinen können. Was das Remake eines alten Metal Gear Solid Spiels als einzige Option übrig ließ. Nintendo wollte das Spiel sogar innerhalb eines Jahres auf dem Markt wissen. Wohingegen die Silicon Knights den Entwicklungsaufwand eher auf anderthalb Jahre schätzten. Womit es quasi unmöglich schien, Metal Gear Solid 1 und 2 in das Remake zu quetschen. Hinzu kam, dass sämtliche kreative Arbeit bei Hideo Kojima bzw. Konami lag. Sie machten den Kanadiern bereits in der ersten Besprechung klar, dass Silicon Knights den Videorekorder bauen müsse, auf dem ihr Konami Film ablief. Die Japaner definierten nicht nur, dass Metal Gear Solid: The Twin Snakes ein Remake des ersten Metal Gear Solids mit Gameplay-Elementen des zweiten Teils werden würde, sie trafen genauso sämtliche Entscheidungen. Das beinhaltete neue Ideen ebenso wie Überarbeitungen vorhandener Mechaniken, Reviews der Builds und Genehmigungen sämtlicher Arbeitsschritte. Die Silicon Knights werteten somit die Polygon-Anzahl der Charaktere von grob 500 auf über 3.000 auf, übertrugen und optimierten Programm-Code, implementierten hochauflösende Texturen inklusive Bump-Mapping und machten die Dialoge Lippensynchron. Denis sah das Projekt als einen Gefallen an Nintendo, denn er betrachtete sich und sein Studio mittlerweile als festen Bestandteil des japanischen Imperiums.
Das bedeutete jedoch nicht, dass die Kanadier nichts von den Japanern lernten. Denn Konami ging komplett anders an Vieles heran. So setzte Eternal Darkness zwar ein aufwendiges Kamerasystem ein, aber sie filmten schlicht aus bestimmten Blickwinkeln. Konami erstellte tatsächlich unterschiedliche Charakter-Modelle für verschiedene Kamera-Einstellungen. Wenn die Polygon-Anzahl beispielsweise nicht hoch genug wirkte oder sich die Figuren merkwürdig verbogen. Auf solch eine Idee wäre Denis im Leben nicht gekommen. Die gesamten Zwischensequenzen ähnelten mehr einer Filmproduktion, als der eines Spiels. Was damit zusammen hing, dass es tatsächlich eine war. Denn Hideo Kojima war genau wie Denis ein Fan von Ryuhei Kitamuras Filmen (Versus). Im Gegensatz zu Denis durfte Hideo jedoch den Dreharbeiten von Versus beiwohnen, wo er sich mit Ryuhei anfreundete. Da der Regisseur mit seiner Alive Verfilmung bewies, dass er stets die Arbeit des eigentlichen Schöpfers respektierte, ließ Hideo im völlige Freiheit bei der Neuinterpretation der Metal Gear Solid Filmsequenzen. Was die Stärken der Charaktere deutlich stärker hervorhob und neue Elemente wie Bullet-Time mit ein brachte. Diese Sequenzen lieferte Konami Silicon Knights mit ihrer eigenen Engine-Technologie und den Kanadiern fiel dann die leidvolle Aufgabe zu, auf Basis der Knochen-Modelle sämtliche Animationen in ihrer Eternal Darkness Engine nachzubauen. Ein äußerst zeitraubender Prozess. Aber zumindest kam das Silicon Knights Team in den Genuss, sämtliches Referenz-Material des Metal Gear Universums studieren zu dürfen, einschließlich dessen von Metal Gear Solid 3.
Ähnlich Silicon Knights ursprünglicher Schätzung, erschien Metal Gear Solid: The Twin Snakes fasst anderthalb Jahre nach Projektstart im November 2003 in Japan. Die Durchschnittswertung lag mit 85% beinahe 10% hinter seinem Original zurück. Was jedoch größtenteils durch das nahezu identische Level-Design kam, welches für viele Spieler die Herausforderungen minderte. Nintendo verkaufte weltweit etwas mehr als 70.000 Exemplare des GameCube Remakes.