Ungeachtet der vorangegangenen Spiele, war Shigeru Miyamoto weder Nintendos einziger Game-Designer, noch Kinder die primäre Zielgruppe aller Spiele. Tatsächlich hatte Nintendo, im Gegensatz zu heute, damals noch kein festes Ziel. Somit ist es wenig verwunderlich, dass das düstere Metroid ebenfalls 1986 als Zugpferd für das Famicom Disk System entstand. Game Designer Yoshio Sakamoto’s Begeisterung für Ridley Scott’s Alien war der Hauptgrund für R&D1s eher ungewöhnliches non-lineares Abenteuer. Es erzählte die Geschichte der intergalaktischen Kopfgeldjägerin Samus Aran, welche die meiste Zeit in einer gelb-roten Power-Rüstung steckte. Ihre Fähigkeit, sich wie ein Ball zusammenrollen zu können und der verhältnismäßig große Kopf, vermittelten den Eindruck eines zweibeinigen Insekts. Kein zu weit hergeholter Eindruck, denn die Power-Rüstung wurde in der Tat von den Vogelähnlichen Chozo gebaut, welche Samus aufgezogen hatten, nachdem ihre Eltern vom Weltraumpiraten Ridley ermordet wurden. Selbigen Piraten rückte Samus in den unterirdischen Höhlen des Planets Zebes zu Leibe. Die Weltraumpiraten hatten Proben einer mysteriösen Kreatur namens Metroid gestohlen, die sich in eine BioWaffe verwandeln ließen. Als letzte Hoffnung der Galaktischen Föderation kämpfte sich der Spieler unterbewaffnet durch den ersten Level und erlernte dabei ein völlig neues Spielprinzip. Nicht nur Mario, sondern unzählige andere Sidescroller hatten den damaligen Spielern beigebracht, nach rechts zu laufen. Metroid führte so zügig in eine Sackgasse. Stattdessen musste der Spieler also vom Startpunkt aus nach links und dort mit dem Maru Mari sein erstes Upgrade einsammeln, was ihn unter der zuvor unpassierbaren Mauer her rollen ließ. Auf diese Weise wurde Metroid zum Pionier zwei neuer Spiel-Elemente. Der Erkundung in einem Sidescroller und das Einsammeln von Power-Ups, die den Charakter im Gegensatz zu vorangegangenen Spielen dauerhaft stärkten. Upgrades wie Raketen waren essentiell, um Türen aufzusprengen und tiefer in die fünf Gebiete des Spiels vorzudringen. Wo ihn letztendlich die Metroids und der Piratenanführer, Mother Brain, erwarteten.
Metroid endete auf fünf verschiedenen Arten und nur eines der Enden offenbarte, dass Samus Aran eine Frau war. Eine damals schockierende Enthüllung. Selbst das Handbuch titulierte Samus als männlich. Nintendo portierte die im August 1986 fürs FDS erschienene Version ein Jahr später fürs amerikanische Publikum auf ein Modul, sparte jedoch an der Batterie. Statt, wie in der japanischen Version drei Spielstände anlegen zu können, musste der Spieler seinen Spielfortschritt durch Passwörter festhalten. Was ebenfalls Cheats ins Spiel brachte und dank „Justin Bailey“ Samus dauerhaft in ihrer weiblichen Gestalt ohne Power-Rüstung zeigte.
Um einen einsamen Krieger, der auszog um seinen Erzfeind zu besiegen, ging es auch in Konamis zweitem NES Spiel. Nur das der Held des ursprünglich Demon Castle Dracula getauften Plattformers jagt auf den Vampirfürsten machte. Ähnlich wie Metroid drehte sich Castlevania um die Erkundung, nur in diesem Fall nicht eines ganzen Planeten, sondern lediglich eines gotischen Schlosses. Der langhaarige peitschenschwingende Simon Belmont schlug sich in einer gewitterigen Nacht durch mystische Kreaturen und durchkreuzte die Pläne uralten Bösens. Präzises Springen und ein starkes Kampfsystem waren auch für Simon an der Tagesordnung. Aber im Kampf gegen Draculas All Stars, wie dem Sensenmann, Medusa oder Frankenstein, besaß der Spieler lediglich seine Peitsche und einen temporären Gegenstand, der ebenfalls eine schadensintensivere Alternativwaffe sein konnte. Abgesehen von meist seitlich anrückenden Feinden und herabfallenden Objekten, rang Simon dabei ebenfalls um Zeit. Jede der 18 Stages samt Endgegner musste in einem Zeitraum von drei bis fünf Minuten bewältigt werden. Idealerweise inklusive sämtlicher geheimen Verstecke. Dabei wurde es stimmungsvoll von Orchester und Synthesizer Melodien untermalt. Konami brachte Akumajo Dracula, so der Famicom Originaltitel einen Monat nach Metroid im September 86 für das Disk System heraus. Es wurde umgehend zum Klassiker, weshalb Konami es im Folgejahr als NES-Modul in Amerika veröffentlichte.
Beinahe zwei Jahrzehnte bevor Nintendos Hiroshi Yamauchi über den Einstieg ins Spielautomatengeschäft nachdachte, hatte Sega Enterprises diesen bereits dominiert. Nicht nur das! Sie brachten ihre erste Spielkonsole, das SG-1000, sogar im gleichen Monat wie Nintendo ihr Famicom auf den Markt. Aber entgegen der Konkurrenz wurde Sega mit in den Videospielecrash gezogen. Sega Chef David Rosen verkaufte sein US Imperium an Midway und suchte nach einem neuen Geldgeber. Zur Zeit des NES Erscheinens brachte Sega ihre dritte Konsole auf den japanischen Markt. Ein dreiviertel Jahr später, im Juni 1986 drangen sie damit erneut auf den US Markt vor. Ähnlich wie Shigeru Miyamoto hatte Segas Master System ihr Wunderkind Yuji Naka. Aber zeitgleich hielt Nintendo bereits einen eisernen Griff um sämtliche japanischen Entwickler und Spiele für konkurrierende Konsolen zu produzieren war ihnen verboten. Somit stützte sich die Master System Spielpalette lediglich auf Segas In-House-Produkte. Obwohl das Master System dem NES technisch überlegen war, gelang es Sega nur 125.000 Konsolen in den ersten vier Monaten zu verkaufen. Eine Zeitspanne, in der Nintendo vergleichsweise 2 Millionen NES verkauft hatte. So stieß Sega die US Vertriebsrechte erneut ab, dieses Mal an Tonka und zog sich für den Moment in ihre Entwicklungslabore zurück.
Trotz allem stellte Sega eine Bedrohung für Nintendo dar. Unter anderem ihr damaliges Maskottchen Alex Kidd. Eine eindeutige Mario Kopie, aber gerade deshalb ein Spiel, auf das Kinder ansprangen. Weshalb Nintendos Super Mario Bros. 2 umso schneller fertig werden musste.
Dem ersten Super Mario Bros. hatte Nintendo bereits vier Monate später eine Spielhallenversion folgen lassen. Für diese VS. System getauften Automaten gestaltete Shigerus Team schwierigere Level. Logischerweise damit Spieler mehr Geld ausgaben. Nicht nur das R&D4 Team fand an der Arbeit gefallen. Shigeru wollte ebenso die Spieler belohnen, die das erste Spiel mit Leichtigkeit gemeistert hatten. Weshalb Super Mario Bros. 2 ein für viele unmögliches Spiel und in gerade Mal vier Monaten fertig wurde. Die spielerischen Unterschiede waren minimal, abgesehen von vergifteten Pilzen, zusätzlichen Windverhältnissen und Hammer schleudernden Koopas, die Mario verfolgten. Lediglich die Wahl der Spielfigur stach heraus. Denn während Mario sich gewohnt verhielt, konnte Luigi erstmals höher springen, rutschte aber gleichzeitig wie auf Eis über den Boden. Trotz überwiegend mittelmäßiger Kritiken der japanischen Presse, verkaufte Nintendo 2,5 Millionen Disketten des Spiels.
Als Nintendo Jahre zuvor in den USA Fuß fasste, stellten sie Howard Phillips als Lagerhaus-Manager ein. Der stets jugendlich aussehende rothaarige Lockenkopf mit seinen leichten Sommersprossen und seltsamer Angewohnheit Fliegen zu tragen, entwickelte sich zu Minoru Arakawas persönlichem Spiele-Tester. Howard entschied, welche 15 der über 50 japanischen Famicom Spiele zum NES Release in den USA angeboten wurden und er diktierte Nintendo Japan immer eine Liste von Anpassungen der Spiele fürs amerikanische Publikum. Beim Spielen von Super Mario Bros. 2 starb Howard schon am ersten vergifteten Pilz und warf ziemlich schnell das Handtuch. Weshalb Super Mario Bros. 2 nicht außerhalb von Japan erschien. Erst als Nintendo 1993 die Super Mario All-Stars für das Super NES veröffentlichte, entdeckten die meisten das Spiel darin als „The Lost Levels“.