Lobotomy Software war aus einem Haufen Nintendo Mitarbeitern entstanden, die bei ihrem amerikanischen Arbeitgeber nicht ihre eigenen Spiel-Ideen entfalten durften. Als sie sich letztlich von Nintendo trennten und aus Paul Lange’s Apartment raus arbeiteten, stießen sie auf das nächste Problem: Einen Publisher zu finden, welcher ihre Ideen Realität werden lassen würde. Eines von Lobotomys Projekten war ein Ultima Underworld ähnliches Rollenspiel namens Ruins. Nachdem unzählige andere Publisher sie abblitzen ließen, landeten sie bei Scott und George, die vorschlugen das Spiel mehr in Richtung First-Person-Shooter zu lenken und ihm ein ägyptisches Theme zu geben, damit Ruins in 3D Realms Debüt-Palette passte. Auf diese Weise entstand Anfang 1994 3D Realms erste Demonstration der Build Engine. Doch Lobotomy Software kam nicht nur von der Konsolen-Programmierung, sie wollten auch dahin zurück. Sie erkannten, dass der damalige Konsolen-Markt kaum 3D Spiele wie Doom besaß und begannen gleichzeitig mit der Programmierung einer eigenen Engine für Segas Saturn. Das brachte ihnen einen neuen Vertrag mit BMG Interactive ein und so trennten sich Lobotomy und 3D Realms in beidseitigem Einverständnis wieder, bevor Ruins fertig wurde. Obwohl Ruins letztlich ein Shooter wurde, umfasste es tatsächlich einige interessante Rollenspielartige Elemente, die es vom generischen Shooter abhoben. Beispielsweise bot es Power-Boosts, die sonst nur in Side-Scrollern wie Metroid zu finden waren und den Spieler außergewöhnliches Sprungverhalten verliehen. Zusammen mit der Freiheit, die Level auf einer Karte beliebig wählen zu können, ergab sich daraus in sehr interessantes Spielprinzip. Ferner gab es Ankhs, welche den Lebensbalken des Spielers wachsen ließen. Ruins erschien schließlich als Exhumed bzw. in den USA als PowerSlave für Saturn, Playstation und PC. Es wurde ein enormer Hit, besonders auf den Konsolen. Bedauerlicherweise nicht unter der 3D Realms Flagge.
Möglicherweise waren es ähnliche Gedanken wie PowerSlaves Sprungtechnik, welche Duke Nukem 3D verschiedene Stadien der Entwicklung durchlaufen ließen. Es begann als „First Person Sidescroller“, war dann zeitweise ein Shooter, bei welchem der Spieler zwischen Third-Person und First-Person-Perspective wechseln durfte, bevor es ausschließlich auf die Genre-typische Perspektive reduziert wurde. Innerhalb der gut zweijährigen Entwicklungsspanne hatte id Software bereits ihren Polygon-basierenden Shooter Quake herausgebracht. Dennoch fanden sich mehr Spieler zur 2,5D Grafik von Duke Nukem angezogen. Vielleicht spielten dieses Mal ebenfalls die niedrigeren Hardware-Anforderungen mit eine Rolle. Aber der Hauptgrund war zweifellos die Atmosphäre des Spiels. Während Quake auf einem abgelegenen Planeten in düsteren Farbtönen von einer bevorstehenden Apokalypse erzählte, trat der Duke den Außerirdischen in der bekannten Umgebung von Los Angeles in den Arsch. Was Duke Nukem 3D aber wahrlich von der Konkurrenz distanzierte, war der Grad der Interaktion. Schoss der Spieler auf eine Wand, hinterließ das Einschusslöcher. Toiletten konnten ebenso abgezogen, sowie Telefongespräche geführt werden. Fenster zerborsten bei Beschuss, Fernseher implodierten, Flipper gingen bei Berührung los. Grundlegend ließen sich Autos und Gebäude in Schutt und Asche legen. Außerdem gab es natürlich noch die Stripper! Auch wenn es sich hier bei pixelige Animationen aus vielleicht zehn Frames handelte, machten die Bars und Strip-Clubs des Spiels klar, dass 3D Realms kein Spiel für Kinder entwickelt hatte. Sie sprachen den erwachsenen Spieler an und das funktionierte extrem gut. Duke Nukem 3D umfasste zudem Tonnen von Geheimnissen und ausgefallene Waffen wie einem Schnellfeuer-Raketenwerfer oder einem Schrumpfstrahl, durch den Gegner zertreten werden konnten. Abgerundet wurde die Gegenstandsflut von Steroiden für mehr Geschwindigkeit, portablen Medpacks, Nachtsichtgeräten, einem Jetpack sowie einem Taucheranzug. Welche zu unvergesslichen Spielszenen führten.
Mit Duke Nukem 2 hatte Tom Hall bereits den Charakter der ikonischen Heldenfigur geformt, der jede Frau abbekam und alle anderen zur Hölle schickte. Aber im dritten Teil bekam der Duke so richtig Charakter, weil er die Spielszenen mit Worten kommentierte, die dem Spieler durch den Kopf gingen. Ein Feature, was tatsächlich erst ein halbes Jahr vor dem Release entstand und quasi LucasArts zu verdanken war. Denn die coolen Sprüche von Full Throttles Ben hatten George Broussard und Sound-Engine-Programmierer Jim Dose darüber fantasieren lassen, wie sich Duke wohl anhören würde. Woraufhin George das Full Throttle Intro auf Kassette aufnahm und damit einen Synchronsprecher suchte, der sich ungefähr so wie Ben Throttle anhörte. Duke’s Standardspruch „Come get some“ war genau das was die Spieler taten. Es spielte bereits am ersten Tag das Siebenfache seines 350.000$ Budgets ein und landete auf Platz vier der Verkaufscharts. Gleich hinter einem kleinen Spiel namens WarCraft. Aber Duke Nukem 3D verkaufte nicht nur mehr als 3,5 Millionen Exemplare, es fuhrt auch durchgehend Wertungen jenseits der 90% Marke ein.
Das machte ebenfalls die Build-Engine äußerst populär. Sie wurde in Folge dessen für zwölf Spiele anderer Hersteller lizenziert. Unter anderem für Titel wie Witchaven, TekWar und Redneck Rampage. Ein weiterer Titel war Blood. Was ursprünglich als eine 3D Version von Ataris Gauntlet begann und die geistige Schöpfung von Nick Newhard und Jason Hall war. Beide Programmierer trennten sich von ihrem damaligen Arbeitgeber, der Edmark Corporation, und während Jason Monolith Productions gründete, ließ Nick die Fantasy-Shooter-Idee im Hause seiner Eltern gedeihen. Im November 1994 überredete er Scott an der amerikanischen Westküste ein zweites Studio zu eröffnen, was dementsprechend „Apogee West“ heißen sollte. Da Apogee damals jedoch bereits einen FPS mit Fantasy-ähnlichem Theme in Produktion hatte, einigten sie sich für Nicks Spiel auf ein Horror Szenario. Apogee stellte zwei weitere Grafiker sowie zwei Mapper ein, die immer noch von Nicks aus Elternhaus operierten. Dann brauchte der Apogee Hauptsitz zusätzliche Leute für Duke Nukem 3D und zog Richard „Levellord“ Gray von Apogee West ab. Was erste Differenzen zwischen den Firmen entstehen ließ. Ein weiteres Problem wurde die generelle Finanzierung von Blood. Apogee finanzierte zeitgleich fünf verschiedene 3D Shooter und im Gegensatz zu den ersten Arcade-Spielen, die von zwei oder drei Leuten gemacht wurden, umfassten diese nun jeweils 10 – 15 Mann. Deshalb musste Apogee West mit einem monatlichem Budget von 15.000$ haushalten. Das reichte ihnen nicht für große Sprünge. Als Apogee West 3D Zwischensequenzen ins Spiel integrieren wollten, tat sich Nick deshalb mit seinem früheren Arbeitskollegen Jason und somit Monolith Productions zusammen. Einige Features später verabschiedete sich Nick wegen der Schwangerschaft seiner Frau vom Projekt und letztlich kaufte Monolith Apogee Blood im Januar 1997 ab. Es erschien vier Monate später als offizielles Monolith Spiel und erhielt ein Jahr später bereits einen Nachfolger.
Statt in weitere kostenintensive Projekte zu investieren, gründete Apogee wenige Tage nach der Trennung von Blood ein zweites Label namens „Pinball Wizards“. Man könnte es als Rache dafür auslegen, dass Epic MegaGames zu Beginn das Apogee Modell Vertriebsmodell kopierte. Denn Epic war in diesem Fall der Vorreiter. Sie hatten Epic Pinball und Extreme Pinball herausgebracht. Die mit wenig Aufwand, hohe Gewinne abwarfen.