Um diese Flut an Downloads und Bestellungen handeln zu können, investierte Apogee in die Bulletin Boards. Das Software Creations BBS bauten sie im Laufe der Zeit mit stolzen 200.000$ aus, damit es den Downloads standhalten konnte. Es wurde zu Apogees offizieller BBS. Wann immer ein neues Spiel erschien, war es dort zuerst zu finden. Außerdem zogen Scott und George endlich in ein echtes Bürogebäude in Garland Texas um, wo sie eine handvoll Leute für die Bestell-Hotlines engagierten. Von Scott angeheuerte Programmierer übernahmen außerdem id Softwares Verpflichtung sechs weitere Spiele für Arbeitgeber Softdisk zu programmieren, damit John Romero und John Carmack die Zeit für gewinnbringendere Spiele hatten. Deren nächster Schritt sollte die gesamte Spiele-Industrie revolutionieren!
2D Spiele mit den typischen Bitmap Sprites formten bis Anfang der 90er die normale Spielelandschaft. Einige Simlatoren von Microprose, Lerner Software oder Microsoft hatten zudem äußerst karge Polygon Landschaften gezeichnet. Außerdem gab es Space-Combat-Simulationen wie Wing Commander, die mit rotierenden 2D Grafiken einen 3D-Effekt vorgaukelten. An echte 3D Grafiken dachten 1991 nur äußerst wenige, weil die PCs einfach nicht genug Rechenpower hatten, um dreidimensionale Oberflächen zu berechnen. Id Softwares John Carmack umging das Problem in seinen ersten 3D Experimenten, indem er die Anzahl der zu berechnenden Oberflächen stark reduzierte. Er generierte ein Gitternetz mit ausschließlich 90 Grad Kurven, erschuf damit verhältnismäßig enge Räume und ließ Böden sowie Decken wegfallen. Diese Räume berechnete Carmacks Ray-Casting Engine lediglich auf Basis von Flächen, welche für den Spieler tatsächlich sichtbar waren. Das Ergebnis war eine der ersten flüssigen 3D-Grafik-Engines. Als Scott im April 1991 das darauf basierende Hovertank 3D sah und hörte dass id die Technik mit Texture-Mapping verbinden wollte, wie die Looking Glass Konkurrenz es in Ultima Underworld tat, streckte er id Software 100.000 Dollar für die Produktion vor. Eine Investition die sich unglaublich oft bezahlt machte.
Das stets auf Konfrontation gebürstete Team aus John Romero, Adrian sowie John Carmack und Tom Hall, füllte die neue 3D Welt mit SS-Soldaten und Hitler selbst, auf welche der Spieler Jagd machen musste. Der absichtlich brutal designte Einsatz von Kettensägen und Maschinenpistolen trieb Wolfenstein 3D zu Rekordverkäufen an. Apogee bekam ihre Investition bereits im ersten Monat zurück und nahm allein durch das eine Spiel monatlich 200.000 – 300.000 Dollar ein. Der ersten Trilogie folgte eine zweite, unzählige Mission-Packs und eine Vollpreis-Fassung mit dem Titel Spear of Destiny, welche jedoch von Konkurrenz FormGen vertrieben wurde. Wolfenstein 3D wurde zwar das letzte Spiel, was id Software speziell für Apogee entwickelte, aber es regte die Ideen unzähliger Programmierer an und die Johns erlaubten Apogee zudem die Nutzung ihrer Technologie.
In den nächsten Monaten folgten unter der Apogee Flagge zunächst weitere 2D Spiele ihrer etablierten Programmierer. Allen Blum lieferte im Januar 1993 sein erstes eigenes Spiel aus. Es sollte zu Beginn „Dr. Protons Revenge“ heißen und damit eine klare Verbindung zu Duke Nukem beziehen. Dank Apogees neu geborener Tradition, die Spiele nach ihren Helden zu benennen, wurde aus dem vertikal scrollenden Shooter jedoch Major Stryker. Harrison Stryker flog mit seinem Raumjäger zu drei elementaren Planeten der Galaxie und radierte dort die Kreton Militärstellungen aus. Gebriefed wurde er dafür von der äußerst attraktiven und stets flirtenden Flottenadmiralin Yoshira. Allen platzierte zahlreiche Verweise auf Ridley Scotts Kinofilm Aliens im Spiel. Wie z.B. das die „leere“ Highscore Liste mit den Namen der Alien-Charaktere gefüllt war und das Spiel mit dem Originalzitat „Game over man“ endete, wenn die Leben aufgebraucht waren.
Jim Norwood hatte von id Software nicht nur den Quell-Code der zweiten Commander Keen Trilogie erhalten, sie boten ihm sogar einen Job im Doom Team und Unterstützung bei der Programmierung seines Bio Menace an. Aber Jim wollte sich nicht durch die gesamte Entstehung seines ersten eigenen Spiels cheaten und so verbrachte er volle zwei Jahre mit der Fertigstellung von Bio Menace. Viele Elemente, wie das Menü-System oder die Punkteanzeige oben links machten die Commander Keen Ursprünge offensichtlich, aber spielerisch erweiterte Bio Menace das id Original eher in Richtung von Konamis Contra. Der Held, Snake Logan starb nicht direkt bei der Kollision mit einem Mutanten. Er besaß einen Lebensbalken mit acht Trefferpunkten und außerdem mehrere primäre und sekundäre Waffen, die von Maschinengewehren und Lasern bis zu Granaten und Minen reichten. Auch wenn im Gegensatz zu Wolfenstein keine Nazis getötet werden mussten, zerborsten die Mutanten doch in ähnlich splatterhafter Manier.
Id Software hatte ihren Mit-Gründer und Creative Director, Tom Hall, auf die Straße gesetzt, weil der Doom eine Geschichte geben wollte, was die beiden Johns für völlig überflüssig hielten. In Folge dessen stellte Apogee Tom im August 1993 als Chef ihrer neuen Entwicklungsabteilung ein. Was ihm id verwehrte, ließ Tom in Duke Nukem 2 fließen. Wodurch Duke im zweiten Plattformer Charakter bekam. Er fing an einen Appetit für Zerstörung zu bekommen und seine Feinde zu beschimpfen. Davon ab wurde die Geschichte selbst recht amüsant. Nach der Bezwingung von Dr. Proton, trat der weltbekannte Held Duke Nukem in Opera Winfreys Talkshow auf, um sein „Why I’m So Great“ Buch zu promoten. Dabei kidnappten ihn die Rigelatins, um mit Dukes Gehirn einen Plot zur Eroberung der Erde zu entwerfen. Nachdem Duke Nukem 1 die freche Kopie von Grafikelementen anderer Spiele Klagen-frei überstanden hatte, bekam Duke Nukem 2 eine Titel-Melodie, welche Megadeth’s „Angry Again“ verdächtig ähnlich war. Das Spiel führte für 22 Wochen die Shareware-Listen an und verkaufte ebenso mehr als 70.000 Exemplare.
Apogee hielt bedeutend länger als die meisten Spielehersteller an alter Hardware, wie den 16-Farben EGA-Grafikkarten, fest. Was ihre Spiele deutlich „billiger“ aussehen ließ, aber für eine breitere Käuferschicht zugänglich machte. Erst durch id Softwares Wolfenstein, was VGA Grafikkarten voraussetzte und extremen Absatz fand, wandelte sich Scotts Vorgehensweise. Das im April 1994 erschienene Raptor machte diesen Sprung ebenfalls und konnte es so zumindest teilweise mit vergleichbaren Shootern von Multimedia Computern wie dem Amiga aufnehmen. Raptor trat in die Fußstapfen von Shoot’em’ups wie Xenon 2. Es ließ den Spieler zum Start und zwischen den Leveln sein Raumschiff aufrüsten. Wobei die Auswahlbildschirme selbst stark an die Raumstationen und UI von Origins Privateer erinnerten. Aber im Gegensatz zum Xenon 2 Schiff, das immer weiter in die Breite wuchs, bekam der Raptor hilfreiche Features wie eine Auto-Track-Mini-Gun, welche sich selbst ihre Ziele suchte.
Raptor war die Schöpfung von Scott Host, dessen Firma, Cygnus Software, sich im gleichen Gebäude wie id Software befand. Scott Hosts Versuche sein erstes Spiel Galactix selbst zu vermarkten, hatten sich jedoch als wenig effektiv erwiesen und so war er mit Apogee in Kontakt getreten. Die Nähe zu id hatte ihm außerdem den Code der Shadowcaster-Engine eingebracht, mit welcher Scott für Apogee eigentlich ein Rollenspiel namens „The Second Sword“ programmieren wollte. Dieses wurde jedoch zu Strife von Rogue Entertainment, die sich ebenso im gleichen Gebäude einquartiert hatten. Id Softwares Spiele und deren freier Umgang mit John Carmacks Engines zogen Spiele-Entwickler an wie Scheiße Fliegen. Wie auch immer, wurde Raptor mit 90.000 Verkäufen ein weiterer Rekord für Apogees Spielpalette. Es verkaufte sich nicht nur gut, sondern setzte auch einen neuen Standard für scrollende Shooter auf dem PC.