Scott blätterte durch Spiele-Magazine und suchte in diesen nach guten Spielen, die auf talentierte Programmierer hindeuten könnten. Ein Spiel, was seine Aufmerksamkeit erregte war Dangerous Dave von Softdisk. Da er selbst Beyond the Titanic über das Softdisk Magazin veröffentlicht hatte, war ihm klar, dass Kontakt-Mails mit Angeboten automatisch gefiltert wurden und den eigentlichen Empfänger nie erreichen würden. Deshalb begann Scott dem Programmierer, John Romero, stattdessen Fanpost zu schreiben. Er gratulierte John jedes Mal zu seinem gelungenen Spiel, behauptete aber gleichzeitig einen Bug in Level XY gefunden zu haben und bat ihn deshalb zurückzurufen. John Romero reagierte zunächst nicht. Erst als dieser unzählige identische Briefe erhielt, die von unterschiedlichen Personen mit der gleichen Adresse kamen, klingelte Scotts Telefon und John beschwerte sich über den seiner Meinung nach kranken Scherz. Scott konnte John beschwichtigen, indem er seine wahren Gründe offenlegte und handele so mit dem Softdisk Team aus, ihr nächstes Jump’n’Run nicht über das Spiele-Magazin zu veröffentlichen, sondern über Apogee. Das Quartett programmierte innerhalb von zwei Monaten die Commander Keen Trilogie. Apogee veröffentlichte sie pünktlich zum Weihnachtsgeschäft und verkaufte mehr als 50.000 Exemplare davon. Commander Keen wurde das erste Spiel der neuen Firma, die als id Software bekannt werden würde.
Dicht gefolgt von id’s Commander Keen lieferte Todd Replogle zwei Monate später sein zweites Spiel, die Dark Ages Trilogy, ab. Wie id’s Spiel war es ebenso ein Run and Gun, in welchem der Spieler als Prinz den Zauberer und Thronräuber Garth besiegen musste. Dafür hüpfte er durch die Level, erledigte Gegner und sammelte, wie in der vorangegangenen Thor-Trilogie, Gegenstände ein, welche die unsichtbare Tür am Levelausgang offenbarten. Bei der Produktion von Dark Ages wurde Todd von seinem Freund Allen Blum unterstützt. Allen hatte auf dem Amiga einen Super Mario Klon geschrieben und obwohl Dark Ages ein PC Spiel war, verwendete er seinen Amiga Level-Editor, um für Todds Dark Ages darin die Level zu bauen. Allen wurde quasi Todds Grafik-Designer für Dark Ages und das folgende Spiel. Der Plattformer gedieh außerdem zum ersten Shareware Spiel mit Musik und AdLib Soundkarten Unterstützung.
Mehr Programmierer sprangen auf das Apogee Erfolgsmodell an. Doch nicht entpuppte sich als großer Hit. Parallel zu Todd knüpfte Scott im Januar 1991 Kontakt mit Dave Sharpless aus Toledo. Der Junge hatte mit Jumpman Lives ein nicht nur namentliches Ebenbild von Epyx acht Jahre älterem Plattform-Game geschrieben. Trotz des schlechten finanziellen Zustands von Epyx, oder gerade deswegen, gingen sie gegen die Veröffentlichung von Jumpman Lives vor und zwangen Apogee das Spiel wenige Monate nach der Publikation wieder vom Markt zu nehmen. Ebenso lehnte Scott 1991 ZZT von Tim Sweeny ab. Es lässt sich am besten als eine Text Version von LittleBigPlanet beschreiben. Scott war zu der damaligen Zeit der Überzeugung, Apogee hätte bereits genügend Text-Adventures im Programm und erteilte Tim deshalb eine Absage. Hätte er damals gewusst, wie brillant Tim Sweeny war und das dieser durch die Ablehnung Epic MegaGames gründen würde, welche Hits wie Unreal Tournament oder Gears of Wars produzierten, hätte er das Text-Adventure sicherlich akzeptiert.
Nichts desto trotz entwickelte sich Apogee auch ohne Tim Sweeny prächtig. Scott benötigte Unterstützung bei der Produktion und Vermarktung der Shareware. Nicht nur weil jemand die telefonischen Bestellungen entgegen nehmen musste. Im Juni 1991 stellte er George als ersten Angestellten ein. Womit dessen Spiele ebenso in die Apogee Spiel-Palette übergingen. George hatte wiederum kurz zuvor seinen Frank Maddin aus Lufkin, wo er aufgewachsen war, überredet sich ebenfalls an der Spieleprogrammierung zu versuchen. Frank war ein äußerst abgedrehter Kerl, der sich stets so kleidete, wie die von ihm erschaffenen Heldenfiguren. Für Crystal Caves ließ Frank sich von der Star Trek Episode „Trouble with Tribbles“ anregen. Der Spieler musste als Mylo Steamwitz auf verschiedenen Planeten sämtliche Edelsteine einsammeln, um sich eine Twibble Farm kaufen zu können. Die 16 Level des Jump’n’Runs durften in beliebiger Reihenfolge abgeschlossen werden. Genau wie in den meisten Apogee Side-Scrollern konnten dabei Gegner abgeschossen und Bonusgegenstände für mehr Punkte eingesammelt werden.
Id Softwares Commander Keen lies einen naiven Jungen namens Jim Norwood bei Apogee anrufen. Zu der Zeit ging Geschäftsführer Scott noch selbst ans Telefon. Jim fragte ihn, ob der Source-Code von Commander Keen ebenfalls Shareware sei und er den haben könne? Selbstverständlich war das nicht der Fall. Aber das Telefonat entwickelte sich dennoch für beide Seiten profitabel. Denn als Scott hörte, dass Jim nicht nur programmierte, sondern ebenso seine Grafiken selbst zeichnete, stellte er Jim ein. Zusammen mit Todd, Allen, George und natürlich Scott arbeitete Jim an Apogees nächsten Smash-Hit. Metal Force reihte sich in die Side-Scroller ein, nur dass es weniger kindlich war. Sein Held, Duke Nukem war stark von den Comic Buch Helden und 80er Action-Filmen inspiriert. Ein harter, kantiger Kerl mit rotzfrechen Sprüchen, wie Arnold Schwarzenegger oder Dirty Harry. Duke Nukem bekämpfte in der damaligen Zukunft des Jahres 1997 Dr. Proton, der nach einer kleinen Lobotomie die Weltherrschaft an sich reißen wollte. Mit seiner Roboterarmee vernichtete Dr. Proton beinahe das gesamte Militär und so schickte der CIA den selbsternannten Alien Arschtreter Duke Nukem gegen ihn ins Rennen. Eine zugegebenermaßen wenig originelle Story. Auch viele Teile der Grafik kopierte das Team von fremden Spielen wie Factor 5’s Turrican oder Probe Software’s Savage. Aber die wenigen Gespräche zwischen Duke und Proton waren unterhaltsam gemacht und in den seitlich scrollenden Leveln konnte der Spieler alles wegblasen, was er wollte. Zudem durften Nebenaufgaben erledigt werden, wie Sicherheitskameras zu zerstören oder die Buchstaben D, U, K und E für Bonuspunkte einzusammeln. Scott schlug vor, Metal Force nach seinem kultigen Hauptcharakter zu benennen und designte selbst die 12 Level der Shareware-Version, während Allen sich um jene der anderen beiden Episoden kümmerte. Jim Norwood übernahm hingegen die Gestaltung der Hintergründe und Todd selbstverständlich die Programmierung. Duke Nukem wurde mit 70.000 Verkäufen Apogees bis dahin größter kommerzieller Erfolg. Seine Verkaufszahlen schlugen 1991 sämtliche anderen Shareware Spiele.
Durch den neuen Job bei Apogee und die enge Zusammenarbeit mit id Software kam Jim Norwood letztlich zu einem Besuch bei id und dabei tatsächlich an den Commander Keen Source Code.