Der von Jim Norwood erdachte japanische Ego-Shooter Shadow Warrior fing als ein weitaus ernsteres Spiel als Duke Nukem an. Der Spieler schlug sich als Racheengel für seinen getöteten Meister mit Shurikens, einem Blitze-schleuderndem-Handschuh und diversen Zaubern durch Massen von Ninjas. Doch als Duke Nukem 3D mit seiner politischen Inkorrektheit neue Verkaufsrekorde erzielte, beschloss 3D Realms Shadow Warrior komplett zu überarbeiten. George erfand den neuen Spielercharakter „Lo Wang“, wodurch das gesamte Spiel von Anfang an ein großer Gag wurde. Denn Wang ist eigentlich ein Slang-Ausdruck für Penis, was es um so amüsanter machte, wenn Lo Wang Sachen sagte wie: „so, you want to wash Wang or you want to watch Wang wash Wang?“. Lo Wang bekam außerdem einen Bruder namens „Hung Lo“ und klopfte selbstverständlich die ganze Zeit ähnlich amüsante Sprüche wie der Duke. Das 3D Realms Team kombinierte diesen Humor mit Sex-Elementen ähnlich des Strippern, die teilweise wieder entfernt werden mussten, jedoch bis heute im Game-Code existieren. Im Zuge des Wandels wurde Lo Wang ein Bodyguard von Zilla Enterprises, die ganz Japan erobern wollten. Ihr Geschäftsführer Master Zilla wendete sich der dunklen Seite zu und beschwörte Monster aus einer anderen Dimension. Als Lo Wang daraufhin kündigte, hetzte Master Zilla ihm seine Mech-Samurai-Armee auf den Hals. Lo Wang erhielt für die Beseitigung der Monsterhorden ein ähnlich abgedrehtes Waffenarsenal wie Duke Nukem, was von beidhändigen Uzis über Wärmesuchraketen bis hin zu gegnerischen Körperteilen reichte. Anlehnungen an aktuelle Kino-Filme waren selbstverständlich ebenfalls wieder mit von der Partie. So gab es eine von Arnold Schwarzeneggers Film „Eraser“ abgeguckte Railgun, deren Einsatz Lo Wang mit „Time to get erased! Ha ha!“ kommentierte. Eines der zahlreichen neuen Features wurden Sticky Bombs, welche Bungie später in ihr Halo-Konzept übernahm. Außerdem konnte der Spieler Leitern hochklettern, Geschütztürme aufstellen, mit Fahrzeugen durch das Asialand heizen und die Waffen boten natürlich mehrere Feuermodi. Obwohl die User-Wertungen durch die Decke schossen, sahen die damaligen Magazine Shadow Warrior als eher mittelmäßig an. Manche Magazine betitelten es als das schlechteste der Build-Engine Games. So oder so wurde es im Mai 97 das letzte FPS mit Ken Silvermans Engine.
Darren Baker zählte ebenfalls zu den frühen Apogee Entwicklern. Mit gerade mal 18 Jahren hatte der Australier 1993 Halloween Harry programmiert. Was damals dank 256 Farben Parallax Scrolling äußerst beeindruckend ausgesehen hatte. Zwischenzeitlich hatte Darren in Brisbane die Wildfire Studios gegründet. Sie lieferten zum Weihnachtsgeschäft 1997 das erste Spiel von Apogees Pinball Wizards Label aus: Balls of Steel. Wie bei der Epic Konkurrenz steckten physikalische Berechnungen hinter dem Ball-Verhalten und die fünf scrollenden Flippertische waren mit Animationen sowie weiteren Special Effects gefüllt. Statt langweiligen Zoo oder Circus Themen, bot Balls of Steel einen Darkside betitelten Alien-Angriff auf eine Raumstation, ein Fantasy-Drachen-Setting namens Barbarian, ein Stadt-Bombardement, ein verseuchtes Monsterlabor und natürlich einen Duke Nukem Tisch. Letzterer war ein Tie-In der Apogee-Produkte. Denn genau dieser Flipper stand im „Hollywod Holocaust“ Level von Duke Nukem 3D. Wie zu erwarten war, kommentierte der Duke selbst seinen Flipper und Apogee ließ weitere bekannte Synchronsprecher die anderen Tische verzieren. Der „Mutation“ Flipper hatte beispielsweise typische Montgomery Burns Sprüche, die von der original Simpsons Stimme stammten.
Als Rise of the Triad fertig war, gingen Tom Halls Developers of Incredible Power zu einem neuen Projekt über. Prey sollte sich um einen amerikanischen Ureinwohner drehen, der von einer außerirdischen Rasse auf einen fremden Planeten entführt wurde und seinen Weg zurück zur Erde finden musste. 3D Realms begann Anfang 1995 mit der Entwicklung, doch noch im selben Jahr verließ Tom Apogee, um zusammen mit John Romero Ion Storm zu gründen. Wodurch Paul Schuytema der neue leitende Designer wurde und die Prey Handlung auf ein gigantisches Sphärenförmiges Raumschiff mit mehreren außerirdischen Völkern verlegt wurde. William Scarboro schrieb eine gänzlich neue Polygon-basierende Engine für Prey, die dank 3dfx-Karten-Unterstützung John Carmacks Quake Engine in den Schatten stellte. Die Prey-Engine bot eine komplett zerstörbare Umwelt und sollte außerdem Portal-Technologie umfassen, wie es Valve’s Portal erst ein gutes Jahrzehnt später verwendete. 3D Realms demonstrierte ihren Meilenstein der 3D-Technologie mit frei platzierbaren Portalen auf der E3 im Mai 1998 der Öffentlichkeit. Was alle Zuschauer mit offenen Mündern zurück ließ. Sie verkündeten ferner, die Technik in Duke Nukem 5 verwenden zu wollen, obwohl Teil 4 gerade erst in Produktion war. Aber im Laufe des folgenden Jahres, musste Programmierer William Scarboro eingestehen, dass die von 3D Realms gewünschten Portal-Tricks, weit ab von den damaligen technischen Möglichkeiten lagen. Im Verlauf von 1999 stellte 3D Realms die Prey Entwicklung wieder ein.