Damit kümmerte sich 3D Realms internes Entwicklerteam offiziell nur noch ein einziges Spiel: Duke Nukem Forever. Es war direkt nach Duke Nukem 3D in Produktion gegangen und sollte ursprünglich bereits Mitte 1998 fertig werden. Da die Build-Engine ausgedient hatte, die Prey-Engine zu Produktionsbeginn noch nicht fertig war, lizenzierte George im Nachhinein id Softwares Quake II Engine für 500.000$. Wie üblich finanzierte 3D Realms das gesamte Projekt selbst. D.h. bis auf eine kleine Ausnahme. GT Interactive sollte sich wie üblich um die Auslieferung der physikalischen Kopien kümmern. Sie schossen 3D Realms 400.000$ für dieses Recht vor. 3D Realms befand sich in keinerlei finanziellen Schwierigkeiten. Man könnte eher behaupten, sie schwammen im Geld. Weshalb es niemanden gab, der auch nur die kleinste Art von Zeitrahmen diktierte. Duke Nukem 3D hatte bewiesen, dass es die Liebe zum Detail war, die 3D Realms Spiele großartig machten und Duke Nukem Forever sollte ihrer Meinung nach der beste First Person Shooter aller Zeiten werden!
Ein halbes Jahr nach dem Quake II Release im Mai 1998 enthüllte Konkurrent Epic MegaGames zusammen mit Unreal ihre gleichnamige Engine. Das Duke Nukem Team hatte bereits Probleme die Weiten der Nevada Wüste mit der Quake II Engine zu realisieren und da Tim Sweenys Engine deutlich größere Areale zuließ, lizenzierte George diese und stellte das Projekt darauf um. Ein weiteres halbes Jahr später, im Oktober 1998 warf Valve ihr erstes Spiel, Half-life, auf den Markt. Die neue Dimension einer lebendigen Welt, welche Valve durch Scripting erzeugte, revolutionierte das Genre und George war klar, Duke Nukem Forever bräuchte das auch. Das 3D Realms Teams jagte einem revolutionären Feature nach dem anderen hinterher und schaffte es kaum aufzuholen, hauptsächlich weil sie die meiste Zeit mit einem 18-Mann-starken-Team operierten. Wann immer George Broussard ein neues Konkurrenzprodukt sah, wollte er dieses oder jenes Feature in DNF übernehmen. Das Team versuchte bereits ihn von anderen Spielen fern zu halten, um nicht weitere Aufgaben zu bekommen. Ende 1999, als Prey gerade eingestellt war, hatte das Duke Nukem Forever Team nicht mal die Hälfte der vorgesehenen Waffen integriert. Vieles existierte immer noch lediglich auf dem Papier und Epic kündigte gerade die nächste Version ihrer Engine an, was erneute Umbauarbeiten bedeutete. Wenige Monate darauf meldete GT Interactive Konkurs an und die Vertriebsrechte für DNF gingen zu Take-Two Interactive über. Aus 3D Realms Sicht, änderte das nichts, schließlich verheizten sie ihr eigenes Kapital und nicht das ihres Publishers.
Nichts desto trotz verkaufte 3D Realms das Prey Konzept 2001 an Human Head Studios und holte sich dadurch eine neue Finanzspritze. Eine zweite kam im Sommer 2001 durch Max Payne rein, was bis zum Ende 2001 gut 500.000 Exemplare verkaufte. Es entstand beim finnischen Studio Remedy Entertainment und wurde, abgesehen von einigen Charakter-Ideen seitens Scott Millers, lediglich von 3D Realms finanziert. Was bedeutete, trotz der Max Payne Einnahmen, musste 3D Realms neues Kapital für den zweiten Teil locker machen.
Zum Max Payne 2 Release 2003 ließ sich Take-Two’s CEO Jeffrey Lapin öffentlich über Duke Nukems Entwicklung aus. Er behauptete, seine Firma würde es bereits als Verlust abschreiben. Was George ebenso öffentlich mit „Take-Two needs to STFU“ kommentierte. Sowohl beruhigend als auch verstörend war Georges folgendes Statement, dass 3D Realms noch weitere fünf Jahre durchhalten könne, ohne Duke Nukem Forever ausliefern zu müssen.
2006, als Human Head Studios Prey fertig hatte, gestand George nach stolzen acht Jahren Entwicklung ein, dass er Mist gebaut hatte und sie noch Mal von Vorne anfangen müssten. Zweifellos war die Fangemeinde davon extrem enttäuscht, aber nicht so sehr wie die eigenen Entwickler. Denn Apogee hatte ein außergewöhnliches Gehalts-Modell. Während andere Firmen ihre Mitarbeiter eher selten am tatsächlichen Umsatz des Spiels beteiligten, basierte Apogees Beschäftigungsmodell quasi genau darauf. Die Mitarbeiter bekamen einige der niedrigsten Löhne in der Videospiele-Industrie, dafür jedoch eine Gewinnbeteiligung der Verkäufe. Bei den früheren Rekorden, hatte das alle finanziell enorm gut dastehen lassen. Aber nun, wo die Duke Nukem Forever Entwicklung sich erneut um mehrere Jahre verschieben würde, kündigte die Hälfte des Teams. Mit den Leuten verschwanden Jahre der Erfahrung. Aber zumindest sah George seinen Fehler ein. 2007 stellte er Raphael van Lierop als neuen Creative Director des Studios und Brian Hook als Projektleiter ein. Ferner stockte George das Team endlich auf 35 Mann auf. Eine Zahl die der damaligen Entwicklerteamgrößen schon eher entsprach. Brian definierte erstmalig Meilensteine der Entwicklung, womit Duke Nukem Forever einen Zeitrahmen bekam und innerhalb von zwei Jahren fertig werden sollte.