Todd Howard hatte erneut bewiesen, dass sich die lange Entwicklungsdauer finanziell auszahlte. Aber das bedeutete nicht, dass Robert Altman gewillt war, vier oder fünf Jahre zu warten, um dann Rekordeinnahmen feiern zu dürfen. Er sah großes Potential im Elder Scrolls Franchise und wollten ihn dort hin führen, wo Benni Jensen ihn bereits ein Jahrzehnt zuvor gesehen hatte: Online. Somit paarte er Todd Howard mit Matt Firor, um die Grundlagen der Weltgeschichte für The Elder Scrolls Online zu definieren. Matt hatte bereits bei Mythic Entertainment mit Dark Age of Camelot erfolgreich ein MMORPG produziert.
Simultan zur Planung der Produzenten suchte Robert einen neuen Geldgeber, für die Gründung des zweiten Studios. Er fand ihn in der Investmentfirma Providence Equity Partners. Das 45 Milliarden schwere Unternehmen erwarb für 300 Millionen US Dollar 25% von ZeniMax Media. Die nutzte Robert wiederum zur Gründung der ZeniMax Online Studios, welche den Elder Scrolls Online Spin-Off entwickeln sollte. Die Finanzspritze steigerte ZeniMax Medias Gesamtwert 2007 auf stolze 1,2 Milliarden US Dollar. Nicht schlecht für eine Firma, die zwei Spiele zuvor am Rande des Ruins gestanden hatte.
2004, als die Arbeiten an den Morrowind Erweiterungen abgeschlossen und Oblivion bereits in Produktion gegangen war, fragte Robert Todd was er außer Elder Scrolls noch gerne entwickeln würde? Todd schrieb mit seinem Team eine Liste von möglichen Settings sowie Genres zusammen und als beliebtestes Spiel unter den Entwicklern kristallisierte sich Fallout heraus. In einer Kombination aus ihren selbst entwickelten Spielsystemen und der Fallout Welt sah sein Team das ideale Rollenspiel.
Fallout war eine zehn Jahre zuvor bei Interplay entstandene postapokalyptische Rollenspielreihe. Die ursprünglichen Erfinder, Tim Cain und Leonard Boyarsky, hatten dafür die taktischen Kämpfe von Microprose UFO: Enemy Unknown, mit düsterem Humor in einer alternativen Zukunft der Erde gekreuzt. Seine Atompunk Welt trennte sich geschichtlich im zweiten Weltkrieg von unserer bekannten Realität. Transistoren wurden nie erfunden und Atomkraft nahm ein deutlich größeres Ausmaß in der Welt ein. Was Fallout jedoch aus anderen postapokalyptischen Szenarien herausstechen ließ, war die von Flash Gordon geprägte Zukunftsvariante des 50er Jahre Art-Deco-Stils und dem Vault-Boy Charakter. Leonard Boyarsky hatte die blonde Zeichentrickfigur im blauen/gelben Anzug, von Monopolys Rich Uncle Pennybags abgeleitet. In Fallouts Welt war Vault-Boy das Maskottchen von Vault-Tec. Einer Firma, die im Auftrage der amerikanischen Regierung, vor Ausbruch des Atomkrieges, gigantische unterirdische Bunker errichtete.
Nach der Veröffentlichung von Fallout 2 durch die Black Isle Studios hatte Interplay den Fallout Franchise jedoch verwässern lassen. Spin-Offs wie Fallout Tactics oder Fallout: Brotherhood of Steel hatten sich vom ikonischen Vault-Boy samt dem 50er Jahre Humor entfernt. Zudem schloss Interplay Ende 2003 ihre firmeneigene Rollenspielabteilung, bevor diese den offiziellen dritten Teil vollenden konnten. Nun, wo die Lizenz brach lag, fragten Bethesda Game Studios Leute zaghaft bei ihren Interplay Bekannten an, ob sie Fallout lizenzieren könnten? Interplay war zu dem Zeitpunkt bereits weit über das hinaus, was man als Finanzkrise beschreiben könnte und so willigte ihr Geschäftsführer, Hervé Caen, augenblicklich ein. Woraufhin die Bethesda Game Studios Anfang 2004 mit der Pre-Production von Fallout 3 anfingen.
Bei Bethesda Game Studios erstem Elder Scrolls Spiel, Morrowind, war Todd Howard noch der führende Kopf gewesen. Anschließend hatte er sich mehr und mehr zum Ideengeber und Aufseher sämtlicher Projekte entwickelt. Er nahm zwar weiterhin Einfluss auf die Richtung der Spiele, managte aber obendrein die Projektteams. Todd überließ Ashley Cheng die Produktion von Oblivion, machte Ken Rolston zum leitenden Designer und Michael Kirkbride zum Schreiber der Geschichte. Da Fallout 3’s Entwicklung parallel zur Oblivion Produktion startete, bedurfte es neuer Führung. Emil Pagliarulo übernahm die Rolle des, leitenden Designers sowie Fallout Schreibers und Istvan Pely wurde zum leitenden Künstler des dritten Teils. Emil Pagliarulo war einer der Looking Glass Studios Veteranen, der nach seiner Arbeit an Thief II, zu Ion Storm wechselte und dann für die zweite Morrowind Erweiterung, Bloodmoon, bei den Bethesda Game Studios einstieg. Er schrieb eine Storyline, welche den Forced Evolutionary Virus des ersten Teils mit dem Garden of Eden Creation Kit des zweiten verband und rund 30 Jahre später einsetzte. Der Spieler wurde in Vault 101 hinein geboren. Einem wissenschaftlichen Experiment, welches in seiner 200-jährigen Existenz nie eine Verbindung zur Außenwelt haben sollte. Doch als James, der Vater des Spielers, nach seinem 19. Geburtstag aus dem Vault verschwand, machte der Aufseher Jagd auf ihn und der Spieler ergriff die Flucht, um seinen Vater wiederzufinden. Auf seiner Reise durch Washington D.C., lernte er nicht nur, dass Vault 101 eine Lüge war. Sondern ebenso, dass sein Vater der führende Wissenschaftler zum Überleben der Menschheit war. James erschuf am Jefferson Memorial eine lebensspendende Wasseraufbereitungsanlage, welche die Enklave jedoch zur Ausrottung sämtlicher Mutanten nutzen wollte und sich somit zum Gegenspieler entwickelte.
Was Fallout 3 aber besonders machte, war nicht die Geschichte sondern die offene Welt und die innovative Paarung eines Ego-Shooters mit Charakterwerten. Der Spieler konnte Fallout 3 durchleben wie er es wollte. Als reine Ballerorgie oder sich mit Schlösser knacken, Überredungskunst und Attributgestützten VATS Gefechten durch die Welt mogelnd. VATS war die Erfindung von Emil. Es stand für „Vault-Tec Assisted Targeting System“ und war gewissermaßen das Rollenspiel-Äquivalent des Fadenkreuzes. Fallout pausierte darin, sodass der Spieler in Seelenruhe Zielpunkte an Feinden markieren konnte, auf die er feuern mochte. So durfte er seinen Feinden Beine wegschießen, um sie auszubremsen, Arme abtrennen, damit deren Waffeneffektivität zu senken oder schlicht den Kopf wegblasen. Das VATS verlieh dem Spieler das Gefühl Equilibriums John Preston zu sein und sich dadurch übermächtig zu fühlen. Todd hatte bei der Spielplanung ganz klar das Erwachsene Publikum im Fokus. Deshalb hielt das BSG Team sich in Puncto Brutalität in keinster Weise zurück. Feuergefechte wurden zu einer Art Burnout Crash Mode, nur mit Körperteilen. Sie veredelten Kills mit extra Animationssquenzen, welche die Auslöschung der Feinde völlig übertrieben in Zeitlupe darstellten. Damit diese auf Dauer nicht langweilig wurden, programmierte Steve Meister ein aufwendiges Kamera- und Physiksystem, was das Schauspiel aus stets anderen Perspektiven zeigte.
Ein langwieriger Prozess, für den die Bethesda Game Studios zunächst verschiedene Prototypen bauten, um herauszufinden wie Waffen am meisten Spaß machten. Morrowinds Pfeil und Bogen im Dauerfeuermodus verwandelte sich so schnell in ein komplett neues Kampfsystem, was am Ende vom Luftgewehr, über Plasmawaffen bis hin zum Fatman reichte. Einem Atombomben verschleudernden Raketenwerfer für den Schulterbetrieb. Ein weiteres Highlight wurde der Rock-It-Werfer, mit welchem der Spieler abgedrehte Munitionsarten wie Dosen oder Teddybären verschießen konnte. Die Welt von Fallout 3 wurde, trotz sehr ähnlicher Spielsysteme, das Gegenteil der eher ernsten klassischen Fantasy Elder Scrolls. Künstler Istvan zeichnete sich nicht nur für das Design der meisten Waffen verantwortlich, sondern auch andere abgedrehte Ideen, die nur in einer Welt wie Fallout möglich waren. Wie zum Beispiel einem Münzbetriebenen Atomschutzbunker. Also einer Telefonzellenartigen Säule, in welcher ein einzelner Mensch im Falle einen Atombombenschlages für 50 Cent Schutz suchen konnte. Ebenso überspannt entwickelten sich Fallouts Bewohner. Ein Roboter, der alle Leute fragte, ob sie seine Freunde werden wollten und ihnen dann die Köpfe abschnitt war in dieser Welt völlig normal.
Was Roboter und Umgebung anging, orientierte das Team sich am Fallout-Original. Sie hoben Mr. Handy ebenso in 3D wie die grünen Super-Mutanten. Todd wollte Fallout 3 eigentlich, wie die ersten Teile, an der Westküste ansiedeln, aber Emil stimmte ihn um. Emil lag viel daran Washington D.C. in die Luft jagen zu dürfen. Was außerdem unweit ihrer Büros war und den Designern sowie Künstlern somit die Möglichkeit eröffnete, sich am Layout der realen Welt zu orientieren. Istvan und sein Team übernahmen sämtliche berühmten Gebäude Washington D.C.s, die vor den 50ern entstanden waren. Alles was danach aufkam und somit in der Fallout Zeitlinie nicht existierte, wandelten sie in den Art-Deco-Stil um, oder gestalteten es komplett neu. Wobei neu in dem Fall halb zerstört bedeutete. Denn Fallouts Oberwelt lag in Schutt und Asche.
Als Fallout 3 Ende Oktober 2008 in die Läden kam überschütteten die Magazine es mit Lobeshymnen. Unabhängig von seiner Plattform erlangte es überall eine Durchschnittswertung von 90% oder mehr. Renommierte Magazine wie Gamespot oder IGN kürten es zum Spiel des Jahres, bestem Rollenspiel uvm. Es überstieg Oblivions Verkäufe der ersten Woche bereits um 50%. Innerhalb von zwei Monaten brachte Bethesda über 4,7 Millionen Exemplare unters Volk. Nach den Xbox Verkäufen der ersten Jahre, rangierte dieses Mal auch die Playstation Fassung auf Platz acht der meistverkauften PS3 Spiele überhaupt.