Jahre zuvor, im Mai 1999, als die Hasbro Interactive / Microprose Fusion gerade abgeschlossen war, begegnete Produzent Michael Mancuso auf der E3 Quicksilver Softwares CEO Bill Fisher. Die beiden verstanden sich vom ersten Moment an prächtig und philosophierten darüber, was ein gutes Spiel ausmachte. Bill erläuterte dem Hasbro Produzenten, wie sie für ihr Starfleet Command die rundenbasierenden Regeln des Star Fleet Battles Brettspiels in Echtzeitkämpfe umwandelten. Michael realisierte die Magie dahinter und ging im Kopf bereits Hasbro Interactives IPs durch, für die sie noch Entwickler suchten. Wenige Monate später, im August 1999, ging das Irviner Studio an die Produktion von Master of Orion III. Mit Hasbro Interactives damals geplantem games.com Feldzug, sollte es zunächst ein Massivly Multiplayer Game werden, was eine ganze Galaxie simulierte. Denn MMOs waren der Renner zum Millenniumswechsel. Was jedoch allein aufgrund der Leistung damaliger Computer nicht gelang. Die ständig wechselnden Wünsche der Firmenführung und somit mangelnde Vision fürs Endprodukt taten ihr übriges. Wodurch Quicksilver Software gut zweieinhalb Jahre mit der Pre-Production des Spiels verbrachte, lediglich neun Monate mit der Umsetzung des finalen 400-seitien Design Dokuments und in weiteren zwei Wochen alle nicht funktionierenden Features entfernte. Das letztlich von Hasbro Interactive abgesegnete Konzept schrieben Alan Emrich, der schon Steve Barcia beim ersten Teil beriet und sein Strategy-Guide-Autor-Kollege Tom Hughes. Wie beim zweiten Teil basierte es größtenteils auf Spieler Feedback aus den Foren. Die Einbindung der Fans ging dieses Mal sogar soweit, dass Alan einen „Roman Wettbewerb“ für die Geschichte und Charaktere abhielt, dessen Gewinner, Hans Grohmann, tatsächlich das 17-köpfige Team verstärkte. Hasbro Interactives Marketing bestimmte darüber hinaus, dass es das erste 5X Spiel werden sollte und zu diesem Zweck den Untertitel „The Fifth X“ bekäme. Wobei sich das fünfte X lediglich um die Enthüllung des Antaran Geheimnisses drehte.
Damit sich der Spieler endlich, wie schon beim zweiten Teil von Steve geplant, um die Elemente des Spiels kümmern konnte, die ihn wirklich interessierten, stellte Bill fünf Programmierer einzig dafür ab 20 unabhängige KI Module zu schreiben, die sich um Gebäudeplatzierung, Schiffsdesign oder die Suche nach neuen Planeten kümmerten. Der Spieler brauchte nur noch eingreifen, wenn ihm danach war. Die KI des Spiels wurde infolgedessen dermaßen gut, dass es keinem des Teams mehr gelang, auf dem höchsten Schwierigkeitsgrad zu gewinnen. Weshalb sie wenige Wochen vor dem Release wieder gedrosselt werden musste.
Alan und Art Director Rantz Hoseley schrieben zusätzlich zum Design Dokument eine 50-seitige „Rassen Bibel“, welche sämtliche Details der Völker umfasste, vom Evolutionszyklus, über deren Lösung technologischer Probleme, bis hin zu ihren politischen Systemen. Sie erschufen Kreaturen, die in jeder nur denkbaren Umgebung hausten. Manche lebten durch Energie, andere durch Mineralien. Anschließend visualisierte Rantz Künstler-Team deren Körper und Schiffe als 3D Modelle mit rund 20.000 Polygonen. Ein gewaltiger Sprung von den Standbildern der Vorgänger. Rantz versuchte dabei ständig dafür zu sorgen, dass die Wesen nicht wie Menschen in Tier-Kostümen einer billigen Sci-Fi Serie wirkten. Weshalb Bill zur Feier des Gold-Masters einen Schauspieler anheuerte, der Rantz in einem Tier-Kostüm auflauerte. Der einzige Rückschritt in Bezug auf die Völker bestand in deren Anzahl. Denn mit Hinblick auf den Zeitplan, musste sich das Team auf acht statt 13 Völker beschränken. Wofür sie die ihrer Meinung nach besten der Vorgänger mit ein paar Eigenkreationen kreuzten.
Mit 59 Punkten Durchschnittswertung lag Master of Orion III, bei seinem Februar 2003 Release, weit hinter seinen Vorgängern zurück. Viele Magazine kritisierten die Benutzeroberfläche, die KI der Weltraumkämpfe und die unzähligen Bugs, die das Spiel ständig abstürzen ließen. Manche gingen sogar so weit Master of Orion III als katastrophalen Fehlschlag zu betiteln. Den Verkaufszahlen half das ebenso wenig, wie der Release der Alpha Version durch ein Australisches Spielemagazin Monate vor dem Release. Infogrames rührte das IP daraufhin nicht wieder an.
