Mit der Übernahme Simtexs durch Spectrum Holobyte stieg Steve Barcia zu Microprose Vizepräsident für Produktentwicklung auf. Zwar schrieb er das Master of Orion II Design Dokument noch vor der Übernahme, programmierte infolgedessen jedoch nicht mehr selbst, sondern überwachte lediglich die Realisierung. In seine Fußstapfen trat hingegen Simtex-Mitgründer Ken Burd. Steves leitende Position führte vielmehr dazu, dass unglaubliche Mengen an Illustrationen des Art Departments verworfen wurden. Ebenso kritisierte er die späte Implementierung des Mehrspieler-Modus, die MOO2 zu einer kostenintensiven Produktion machten und seiner Meinung nach letztlich der Qualität schadeten. Prinzipiell versuchte Ken unzählige Spielfeatures umzusetzen, welche sich die Community nach dem ersten Teil wünschte. Was grob auf mehr Detailreichtum und Automatisierungen hinaus lief. Steve schlug deshalb ein geschichtetes Design-Konzept vor, durch das der Spieler entscheiden konnte, worauf er sich konzentrieren wollten. Bedauerlicherweise fanden viele dieser Features aus Budget-Gründen nicht ihren Weg ins fertig Spiel.
Nichts desto trotz wurde Master of Orion 2 ein würdiger Nachfolger. Die beliebten Außerirdischen Völker des ersten Teils wurden um drei neue erweitert. Die matriarchalische Elfen-Krieger-Gemeinschaft der Elerians. Die kleinwüchsigen Gnolams, welche viel Vermögen anhäuften, aber sich als schlecht im Kampf erwiesen. Und die Trilarians, ein aquatisches Volk von Telepaten, die durch gute Diplomatie glänzten und sehr viel Nahrung auf Wasser- und Sumpfplaneten produzierten. Generell strahlten sie alle echte Individualität aus und konkurrierten selbstverständlich weiterhin, durch Diplomatie, Spionage und Planeten-Jagd, um das Amt des galaktischen Präsidenten. Wie in Master of Magic stand es dem Spieler frei, sich alternativ ein individuelles Volk zu erschaffen. Ebenso übernahm Ken das Städte-Management des Fantasy-Vorgängers für die Planeten des Science-Fiction Spiels. Es gab verschiedene Bevölkerungskategorien, die von Minenarbeitern, über Bauern bis hin zu Wissenschaftler reichten. Ihre Produktivität wurde sogar von der Moral auf dem Planeten bestimmt, welche der Spieler wiederum durch die Errichtung von Holo-Simulatoren oder Pleasure Domes steigern konnte. Nach einem ähnlichen Prinzip agierten die gottgleichen Helden MOMs. Sie ließen sich in Master of Orion 2 als Regulator eines Planeten oder Crew-Mitglied eines Schiffes einsetzen. Was die Effektivität von letzteren steigerte. So half ein Umweltschützer die Luftverschmutzung des Planeten zu verringern. Oder der Angriffswert eines Schiffes stieg durch das Hinzufügen eines Waffenoffiziers. Allesamt gewannen fortan ebenfalls Erfahrung und Crew-Mitglieder ließen sich sogar mit Rettungskapseln in Raumschlachten beschützen.
Ken wollte eigentlich verhindern, dass Spieler weiterhin gigantische Raumschiff-Schlachten mit 32.000 Schiffen austrugen, indem sie die Unterhaltskosten steigerten. Er peilte Imperien mit einer 30 Schiffe starken Armada an. Und erfand sogar riesige Schiffe wie den Doom Star, der sich mit einem Mauler Device in einen Planetenkiller a la Star Wars Todesstern verwandeln ließ. Doch wie sich herausstellte, lies sich die Community nicht von ihrem Vorhaben abbringen. Trotz unzähliger Patch-Versuche mit taktischen Kampflösungen und Automatisierung, errichteten die Spieler weiterhin ihre umfangreichen Aramadas. Das tat dem kommerziellen Erfolg des Spiels jedoch keinen Abbruch. Als Master of Orion II – Battle at Antares im November 1996 erschien, heimste es durchschnittlich eine 85% Wertung ein. Unzählige Spiele-Magazine nominierten es zum besten Strategiespiel 1996 und es gewann sogar den Origins Award als bestes Science Fiction Spiel 1996. Allein im ersten halben Jahr verkaufte sich Master of Orion 2 mehr als 200.000 mal.
Obwohl Spectrum HoloByte im zweiten Quartal 1996 1,5 Millionen Exemplare von Civilization II, Grand Prix II und Top Gun verkaufte und somit in diesen drei Monaten einen kleinen Gewinn verzeichnete, machten sie über das gesamte Jahr hinweg erneut einen Verlust von 39,8 Millionen Dollar. Geld das ihnen fehlte, um auf profitablere Plattformen wie Sonys Playstation oder Nintendos N64 Konsolen umzusteigen. Weshalb CEO Steve Race 1996 erneut viele Mitarbeiter entließ, sämtliche Operationen zu Microprose in Hunt Valley verlagerte und das Spectrum HoloByte Label fallenließ. Alle Spiele, egal von welchen Angestellten sie programmiert wurden, erschienen fortan als Microprose Spiel. Denn im Volksmund genoss Microprose den besseren Ruf. Steve Barcia stieg im Rahmen dieser Umstrukturierung zum Worldwide Creative Director auf und die frühere TekWar Produzentin, Amy Smith-Boylan, stieg zum Kopf des Hunt Valley Hauptquartiers auf.
Drei Jahre zuvor, im Juli 1993, erfand Kombinatorik-Student Richard Garfield Magic: The Gathering. Ein Sammelkartenspiel bei dem sogenannte „Planewalker“ durch die imaginären Welten des Multiversums reisten, dabei Zauber lernten, Wesen aus anderen Welten trafen und sich mit anderen Planewalkern duellierten. Bereits einen Monat später stießen David Etheredge und ein paar Microprose Kollegen im örtlichen Comic Shop auf das Alpha Set des Kartenspiels. Zu dem Zeitpunkt fehlten Magic noch unzählige Regeln, z.B. wie Unterbrechungszauber und Spontanzauber miteinander agierten. Was die Portierung in ein Computerspiel schwierig gestaltete. Aber Magic: The Gathering verdrängte dermaßen schnell alle Brettspiele aus Microprose Pausenraum, dass David das Spiel unbedingt realisieren wollte. Da die ehemalige Spectrum HoloByte Führung ohnehin große Fans von Lizenzprodukten waren, gestatteten sie David umgehend einen Vertrag mit Wizards of the Coast abzuschließen. Innerhalb weniger Monate, pünktlich zum Release der Beta Edition, fing Davids Team somit an die Kartenspiel-Mechaniken in ein MS-DOS Spiel zu verwandeln. Doch die Entwicklung kam äußerst schleppend voran. Was nicht nur an der Zusammenarbeit mit Wizards of the Coast bzgl. neuer Regeln lag, sondern ebenfalls an der Mehrspieler-Mechanik. Denn beim original Sammelkartenspiel traten zwei oder mehr Spieler gegeneinander an. In einer Zeit, in der Quake Death-Matches an der Tagesordnung waren und Richard Garriott parallel Ultima Online produzierte, sollte man denken, so etwas wäre kein Problem. Aber mit Wild Bills früherem Spielautomaten-Fehlschlag, war der Aufsichtsrat nicht bereit in Server-Architektur zu investieren. Ein Problem an dem schon CivNet litt. Das gestaltete ein Match-Making gleichstarker Decks extrem schwierig. Dann verlagerte Microprose ihre gesamte Produktion auf Windows 95. Wodurch das Magic: The Gathering Projekt beinahe eingestellt wurde. D.h. Bis das Sammelkartenspiel selbst in der Presse extrem an Popularität gewann und die Firmenführung Sid Meier beauftragte, sich dem Projekt anzunehmen. Sid hatte das Kartenspiel nie gespielt, empfand es jedoch als eine gebührende Herausforderung, eine KI-Routine für Gegenspieler zu programmieren. Ihm war außerdem klar, dass potentielle Käufer eine klassische Einzelspieler-Komponente erwarteten. Also kreierte er Shandalar. In diesem mystischen Reich interagierten die Spieler mit als Feinden personifizierten Spielkarten. In einer isometrischen Darstellung reiste der Spieler von Dorf zu Dorf und Burg zu Burg. Er entdeckte Schätze und bekämpfte Feinde, die ihn gewissermaßen aufsteigen ließen und sein Deck um mächtige Karten bereicherten. Ganz so wie der Kauf von Karten-Paketen im realen Leben. Die Kampagne gewann stetig an Beliebtheit innerhalb der Mircoprose Tester. Doch dann zog Wizards of the Coast die Reißleine. Aus ihrer Sicht waren einige seltene Karten, im Vergleich zu den realen Versionen, viel zu leicht zu bekommen und so zwangen sie Microprose besagte Karten gänzlich aus dem Spiel zu entfernen. Als kleinen Trost durften sie stattdessen das Astral Set implementieren. Zwölf Karten, die es im original Kartenspiel nicht gab, weil sie Zufallskomponenten enthielten. So entstanden Kreaturen mit wechselnden Farben oder Karten, die eine zufällige andere Karte auf dem Brett zerstörten. Dieses Astral Set als reguläre Sammelkarten der Packung beizulegen, untersagte Wizards of the Coast Microprose jedoch ebenfalls. Weshalb der Publisher sie beim März 1997 Release in überdimensionaler Größe produzierte. Auf diese Weise waren sie in jedem normalen Deck sofort zu erkennen und quasi unbrauchbar. Das tat dem Verkauf des PC Spiels jedoch keinen Abbruch. Microprose brachte 1997 200.000 Exemplare unters Volk und verdoppelte die Verkäufe bis Ende 1999.
