Vollkommen unabhängig davon, hatte Technical Director Dave Pottinger bereits bei Age of Mythology den Einfall gehabt, Zyklopen Einheiten aufheben und auf andere schleudern zu lassen. Als Tony dann parallel zur Age of Empires 3 Entwicklung ihr Wrench Autorennen einstellte, kam Dave auf die Idee, dessen Physik-System für Age 3 zu verwenden. Das führte ganz nebenbei zu deutlich besser aussehenden Gebäude-Zerstörungen. Aber viel wichtiger war der Ansatz, Soldaten anhand eines Stoffpuppen-Systems durch die Welt schleudern und auf Dächern oder Klippen landen zu lassen. Plötzlich machten Formationen wieder Sinn! Denn Musketiere konnten für feindliches Artillerie-Feuer Ausfächern oder sich schützend um die eigenen Kanonen zusammen raufen. Bedauerlicherweise wurde das Feature zu spät gut. Greg hätte im Release gerne noch mehr Gebrauch von Formationen und vor allem Feuerlinien gemacht.
Im Verlauf der Spiele und der damit voranschreitenden modernen Historie, bemerkten Fans immer wieder kleine Ungereimtheiten. Die Ensemble Studios nahmen Geschichte zwar ernst, doch stand für sie in erster Linie Spielspaß im Vordergrund. Weshalb sie ab und zu, in Bezug was wirklich geschah, cheateten. So verhielt es sich dann auch bei der Wahl der Nationen des Spiels. Abseits der echten Kolonie-Nationen Frankreich, Großbritannien, Niederlande oder Portugal, kreierte das Team ein „Was wäre wenn“ Szenario. Denn sie machten Russen und Ottomanen ebenfalls zu solchen. In der Tat gab es dort vereinzelte russische Kolonien und die Ottomanen waren damals eine Supermacht. Aber beide besaßen bereits Routen nach Asien, wodurch ihre Kolonisierung eigentlich überflüssig war. Aber für Ensemble war es eine optische Entscheidung. Sie benötigten einen abwechslungsreichen Look, gegenüber den eher einheitlichen Briten etc.
Im Spielspaß lagen ebenfalls der fehlende Sklavenhandel und die Repräsentation amerikanischer Ureinwohner begründet. Microsoft beschäftigte eine Gruppe solcher, mit denen das Ensemble Team sich zusammensetzte. Einige von ihnen glaubten, das Spiel könne von ein oder zwei Stämmen als spielbares Volk profitieren. Andere sprachen sich dafür aus, das Spiel auf die europäische Erfahrung zu fokussieren. Am Ende gefiel den Beratern der Gedanke nicht, der Spieler könnte die amerikanischen Ureinwohner auf seinem Eroberungsfeldzug gänzlich auslöschen. Weshalb das Team entschied, sie als Rohstoff auf der Karte zu betrachten und zu einem unzerstörbaren Element machte.
Neben dem Ansatz, des bestaussehendsten Spiels, sollte Age of Empires 3 ebenfalls das RTS Genre revolutionieren. Aber sämtliche revolutionäre Features endten nach unzähligen Iterationen am Reißbrett. Meist, weil sich das Ergebnis nicht wie ein Age of Empires Game anfühlte. Die einzige große Erneuerung, die sich bis zum Release hielt, war die Heimatstadt. Ein Gedankte, der MMORPGs entsprang. Denn beinahe jeder Ensemble Studios Mitarbeiter spielte von der ersten Beta an World of Warcraft. So wandelte sich der Spieler-Charakter WoWs zum interkontinentalen Weihnachtsmann, der Geschenke verteilte, wenn der Spieler Erfahrung gewann. Durch die Heimatstadt arbeitete das Spiel gewissermaßen mit zwei Technologiebäumen. Abseits der Städte, welche der Spieler im aktuellen Szenario errichtete, züchtete er seine Heimatstadt in Europa heran. Die Technologie, die er dort entwickelte, blieb übers gesamte Spiel hinweg bestehen. So besaß er beispielsweise nicht von Anfang an die Fähigkeit Docks bauen zu können, sondern musste sie in seiner Heimatstadt erforschen. War das erledigt, konnte er in jeder Partie Docks errichten.
Magazine wie GameSpy lobten, beim Oktober 2005 Erscheinen, die Tiefe des neuen Heimatstadt-Systems und sämtliche Zeitschriften waren sich einig, Age of Empires 3 sei das bestaussehende Echtzeit-Strategiespiel überhaupt. Mit 82 Punkten Durchschnittswertung lag es zwar zehn Punkte hinter Age of Kings zurück, erhielt aber dennoch Auszeichnungen für das beste Strategiespiel des Jahres. Auch wenn viele die Kampagne als „Standard für ein Strategiespiel“ beschrieben. Die zwei Millionen Verkäufe des zweiten Teils, erreichte Age of Empires 3 damit leider erst anderthalb Jahre nach seinem Release. Aber es war immerhin das bestverkaufte Echtzeit-Strategiespiel 2005.