Ebenso wie das Sorcerors Projekt, mag es den ein oder anderen überraschen, dass Age of Empires II: Age of Kings durch ein vorwiegend anderes Team entstand. Lediglich Angelo Laudon blieb bei seiner Position als leitender Programmierer. Tony trat seinen Art Director Posten an Brad Crow ab, Ensembles ersten Grafik-Künstler und widmete sich stattdessen voll seinen CEO Tätigkeiten. Selbiges galt für Bruce, der zwar weiterhin die PR aller folgenden Age Games übernahm und noch den ein oder anderen Text fürs Spiel schrieb, aber nicht mehr am täglichen Design-Prozess teilnahm. Er bekleidete fortan ebenfalls eine Management Position. Brian Sullivan stieg zum Produzenten auf und statt ihm übernahm Mark Terrano für Age of Empires 2 die Rolle des leitenden Designers. Mark diente während des ersten Spiels noch als Communcations-Programmer und kam gegen Ende der Age of Empires 1 Entwicklung auf die Idee der „Armageddon Clock“, bei welcher der Spieler gewissermaßen alles fallen ließ und auf eine neue Herausforderung reagieren musste. Mit dem Aufstieg der alten Crew, füllten selbstverständlich neue Talente wie Programmierer Dave Pottinger oder Designer Ian Fisher die unteren Ränge auf.
Nichts desto trotz folgte das Team selbstverständlich weiterhin Tony Goodmans groben Plan. Von dem ein Grundsatz lautete: „Investiert die meiste Zeit in das, was der Spieler überwiegend sieht“. Was zum eher fotorealistischen Look des Spiels und deutlich aufwändigerer Landschaftsgrafik von Age of Empires 2 führte. Matthew Pritchard, schrieb bereits auf halbem Wege durch Age of Empires 1 Angelos ursprünglichen Engine-Code in Assembler neu und steigerte damit die Frame-Rate des ersten Spiels von 20 auf 55 FPS. Zu der Zeit nutzte Matthew noch einen Pentium I mit 166 Mhz und hatte zuhause lediglich einen 486er. Als der Nachfolger anstand, kamen Pentium III Systeme mit 500 MHz auf den Markt. Wodurch das Team die Option erhielt, die ikonischen Größenverhältnisse der Bewohner und Gebäude, auf ein realistisches Verhältnis zu bringen. Bauten erlangten mehr Details und wirkten umso beeindruckender, wenn sie zu Schutt-und-Asche zerfielen. Zudem konnten Figuren somit in Gebäude laufen. Was Design-technisch selbstverständlich das ein oder andere Problem mit sich brachte.
Am Häufigsten blickte der Spieler jedoch auf Gras, Erde und Wasser. Weshalb Matthew Tile-Blending und Alpha-Blending einsetzte. Also gewissermaßen Landschaftstypen miteinander verschmelzen ließ. Für Age of Empires 1 erzeugte Brad noch Übergangs-Bausteine, die einen Wechsel von Gras zu Dreck oder Wasser zu Strand schufen. Für den Nachfolger kombinierten Brad und Matt mehrere Texturebenen. Auf diese Weise entstanden nahtlose Dreck- oder Gras-Texturen, auf denen handgezeichnete Risse, Äste und Felsen prangten. Übergroße „Super Tiles“ von 10×10 Ausmaßen sorgten zudem für abwechslungsreiche Details der Landschaften.
Durch die fortschreitenden Zeitalter des ersten Teils, ergab sich das Mittelalter, mit seinen Rittern und Burgen, automatisch als Austragungsort von Age of Empires 2. Ein deutlich beliebteres Szenario gegenüber den Griechen und Römern des Vorgängers. Die Millionen Dollar Frage war hingegen: bei der bewährten Spiel-Formel bleiben oder eine kühne neue Richtung einschlagen? Denn es gab eine nicht unmerkliche Liste an Traum-Features. Aus internen und Spieler-Wünschen entstanden Themen wie Handel außerhalb der Karte, erneuerbare Rohstoffe, Kampfausrichtung, ausgeklügelte Diplomatie, Religionssysteme uvm.
Parallel dazu stand Tony, mehr als ein halbes Jahr nach Entwicklungsbeginn, immer noch in Verhandlungen mit Microsoft über die Konditionen ihres potentiellen Nachfolgers. Ähnlich des ersten Schlagabtauschs für Age of Empires 1, behauptete der Redmonder Konzern Teil 1 habe sich lediglich durch ihr Marketing so gut verkauft. Zur Qualität des Spiels habe das keinerlei Bezug. Weshalb Tony eine Statistik sämtlicher Microsoft Spiele ausarbeitete, die aufzeigte, wie alle (ausgenommen von Flight Simulator) im Vergleich versagten. Dazu äußerte er die Frage: warum Microsoft diese Spiele dann nicht auch derart gut vermarktete? Das eigentliche Problem hinter derartigen Aussagen Microsofts lag jedoch in deren Firmenstruktur begründet. Denn die einzelnen Abteilungen des Konzerns agierten unabhängig voneinander und deren Mitarbeiter erhielten Boni auf Basis ihrer Leistungen. Was bedeutete, Microsofts Vertragsabteilung musste Ensemble Studios schlechte Konditionen anbieten, um selbst einen Bonus einzustreichen. Weshalb Tony die schwierige Entscheidung traf, die Entwicklung Age of Kings zu pausieren und so möglicherweise das Weihnachten 1998 Erscheinungsdatum zu verpassen. Beim folgenden Besuch von Microsofts Produktionsteam in Dallas, begegneten die Anzugträger so einer Belegschaft, die Tischtennis, Billard und allerhand Brett- sowie Videospiele spielte. Jedoch nicht an Age of Empires 2 arbeitete. An dem Punkt, rastete Microsofts Vertriebsabteilung aus. Denn Ensemble Studios Spiele machten 60% ihrer gesamten Spielverkäufe aus und Age 2 besaß das Potential diese zu verdoppeln. Eine Woche später unterschrieb Tony den Age of Empires 2 Vertrag zu seinen Konditionen.