Das generelle Problem schien jedoch, das Ende des RTS Genres zu sein. Zahlreiche prominente Artikel schilderten zu der Zeit, alles was möglich wäre, sei bereits versucht worden. Allein Ensemble steuerte zu dem Zeitpunkt bereits sechs Jahre lang Ideen bei und viele Mitarbeiter des Studios fühlten sich diesbezüglich ausgebrannt. Die Einstellungen andersartiger Projekte wie Pirate oder Space Race taten ihr Übriges. Immer mehr Angestellte wechselten zu anderen Studios. Mark Terrano, der als Programmierer des Multiplayer Codes der Genie Engine begann und mit Age of Empires 2 zum leitenden Designer aufgestiegen war, wechselte z.B. als Technical Game Manager zu den Xbox Game Studios. Von dort aus unterstützte er Rare bei der Entwicklung von Conker: Live & Reloaded sowie Kameo: Elements of Power. Bei den Ensemble Studios sorgte das anhaltende Wachstum für eine Veränderung des Firmen-Klimas. Mit 60 Mitarbeitern zum Age of Mythology Erscheinen und 80 zum folgenden Spiel-Release, verwandelten sich die Ensemble Studios langsam von einer großen Familie zu einer fluktuierenden Masse, in der keiner den Namen des anderen kannte. Diese Masse zu einer weitere Variation der bewährten Echtzeit-Strategie-Formel zu überreden, erwies sich als keine leichte Aufgabe. Dennoch fing ein siebenköpfiges Team, rund um Greg Street und Dave Pottinger, im direkten Anschluss an Age of Mythology, damit an.
Greg war einst Ozeanograph gewesen und verbrachte seinen Alltag zuvor häufig Knietief im Sumpf oder auf Booten im Golf von Mexiko. Doch mit seiner Professur verbrachte er dann viel Zeit am Computer und stieß beim Surfen auf ein Interview von Bruce, der damals sagte, Ensemble würde Leute ohne Erfahrung als Designer anheuern. Wodurch Greg sich seit Rise of Rome um die Kampagnen Age of Empires kümmerte und das Unit-Balancing von Age of Mythology übernahm. Für das mittlerweile angestrebte Age of Empires III, stieg er nunmehr zum leitenden Designer auf. Greg forderte das Team heraus, ihr kommendes RTS zum bestaussehenden Spiel überhaupt zu machen und das RTS Genre ein letzte Mal zu revolutionieren!
Einen Dämpfer versetzte dem Team zunächst der chronologische Fortschritt der Reihe. Denn die anstehende Renaissance mit ihren Musketieren, Pikenieren und Dragonern, schien bei weitem nicht so ansprechend, wie die vorangegangenen Wikinger oder Samurai. Niemand interessierte sich wirklich für die Kriege der Renaissance und 1.800. Das zeigte auch die geringe Auswahl an Filmen dieser Zeit (drei Musketiere). Erst der Einfall, das Spiel auf die Kolonisierung Amerikas zu lenken und Inspirationen aufzugreifen wie die Maya Städten des Yucatan Regenwalds, Piratenschiffe, die Breitseiten auf Galeonen abfeuerten, auf Pferden reitende Sioux oder die ersten Lokomotiven, spornten das Team wieder an. Neben berühmten Filmvorlagen dieser Ära, wie z.B. der letzte Mohikaner (Last of the Mohicans) oder Der Patriot (The Patriot) machte das Team Ausflüge zum Smithonian Museum. Da eines der Ensemble Mitarbeiter ein Gettysburg Nachsteller war, erlebten die Entwickler sogar eine Darbietung der sagenumwobenen Schlacht. Das ließ zum einen den Gedanken an Formationen wieder aufleben und gab darüber hinaus Sound Director Stephen Rippy die Gelegenheit echte Geräusche der Artillerie sowie Musketen aufzunehmen.
Wie zuvor bei Age of Kings, wuchs das ambitionierte taktische Formartionensystem zu einem gigantischen Problem heran. Ensembles erster Ansatz war rein ästhetisch. Denn ein vereinzelter Musketier sah bei weitem nicht so beeindruckend aus, wie eine ganze Reihe, die in Einklang feuerte. Unglücklicherweise stieß dieses steife Formartionensystem beim Testen auf wenig Gegenliebe. Die Ausführung von Kommandos zur Neuformierung dauerte mehrere Sekunden. Was Chaos bei den Instinkten der RTS Veteranen verursachte. Weshalb das Team erneut beschloss das Feature einzustampfen.
Zeitgleich ging das Einheiten-Balancing nicht auf. Jeder Militär-Geschichts-Experte kannte die drei Arme des Militärs: Infanterie, Kavallerie und Artillerie. Weshalb Ensemble versuchte damit eine Stein-Papier-Schere-Logik zu kreieren. Kavallerie besiegte Artillerie, Artillerie besiegte Infanterie und Infanterie die Kavallerie. Doch was auf dem Papier gut wirkte, funktionierte im Spiel ganz und gar nicht. Die Entwickler frisierten die Zahlen, damit Kanonen die Musketiere überhaupt trafen. Aber egal was sie versuchten, es fühlte sich falsch an oder sah ebenso falsch aus. Weshalb Kanonen schließlich zu etwas unbesiegbaren gediehen. Nur wenn die Infanterie oder Kavallerie wirklich nah ran kam, bezwang sie die Artillerie. Wann immer Kanonen also hinter Mauern verborgen oder von Soldaten umringt waren, hatte der Gegenspieler ein Problem.